Судьба храмов Красноярской епархии драматична, как и судьба всех церквей России. К началу Великой Отечественной войны в результате антицерковной государственной политики на территории Красноярского края (как и на территории всей Сибири) практически не осталось ни одного действующего храма. Большинство из них были разрушены или приспособлены под хозяйственные нужды. Немногочисленные оставшиеся — были просто закрыты.
До революции почти в каждом храме Енисейской епархии хранились частицы мощей святых, почитаемых в православном мире, раки с мощами святых местночтимых. Семь десятилетий Советской власти пагубным образом сказались и на судьбе этих святынь. Мощи сжигались в музейных топках, выбрасывались на помойки, и только некоторые святыни были спасены верующими с большим риском для жизни.
В годы возрождения Красноярской епархии были вновь обретены мощи особо почитаемого в Сибири мученика Василия Мангазейского, которые пребывают ныне в Туруханском Свято-Троицком мужском монастыре Норильской епархии. По последним данным вновь обретена могила праведного Даниила Ачинского (в городе Енисейске), считавшаяся невозвратно утраченной.
В середине 90-х годов XX столетия по инициативе правящего архиерея в ранге местночтимых святых был прославлен святитель Лука Красноярский и Крымский (Войно-Ясенецкий; 1877–1961), знаменитый хирург, архиепископ Красноярский и Енисейский в 1943–1944 гг., особо чтимый красноярцами исповедник ХХ века. Архиерейским Собором Русской Православной Церкви 2000 года он прославлен в сонме новомучеников и исповедников Российских. Тогда же в Собор новомучеников и исповедников Российских от Красноярской епархии были включены епископ Енисейский Амфилохий (Скворцов; 1885–1937) и другие служители Церкви Христовой — красноярские священники, принявшие мученический венец в ХХ веке.
В 2015 году по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла был учрежден Собор святых Красноярской митрополии. Соборное празднование памяти святых и подвижников благочестия, в земле Красноярской просиявших совершается 11 июня (29 мая по церковному календарю). в состав Собора святых Красноярской митрополии в настоящее время включены, в соответствии с определениями Священного Синода от 26 июля 2010 и 23 октября 2014 гг., шестнадцать почитаемых на Приенисейской земле и канонизированных в установленном порядке подвижников, основным местом подвига, либо погребения которых являются входящие в митрополию епархии:
Александр Поливанов, сщмч. († 1919);
Амос Иванов, сщмч. († 1919);
Амфилохий, епископ Красноярский, сщмч. († 1937);
Василий Мангазейский, мч. († 1600);
Владимир Фокин, сщмч. († 1919);
Даниил Ачинский, прав. († 1843);
Димитрий Неровецкий, сщмч. († 1919);
Евфимий Горячев, сщмч. († 1937);
Лука, архиепископ Симферопольский, сщисп. († 1961);
Михаил Вологодский, сщмч. († 1920);
Михаил Каргополов, сщмч. († 1919);
Петр Игнатов, мч. († 1941);
Порфирий Фелонин, сщмч. († 1919);
Стефан Наливайко, мч. († 1945);
Стефан Семенченко, сщмч. († 1919);
Трофим Кузнецов, сщмч. († 1919).
Во многих храмах благочиний Красноярской епархии хранятся ныне и частицы мощей святых, почитаемых Русской Православной Церковью.
По милости Божией, стараниями красноярского священства и паствы были спасены от надругательства и уничтожения некоторые из особо почитавшихся до революции святынь — чудотворных икон. Икона Преображения Господня, традиционно считающаяся чудотворной хранительницей г. Красноярска, хранится ныне в Красноярском краеведческом музее. В июне 2004 года на время празднования Дня города икона была торжественно принесена крестным ходом на несколько дней в Покровский кафедральный собор г. Красноярска. По традиции, каждый год икона Преображения Господня участвует в крестном ходе, приуроченном ко дню города Красноярска. В Св.-Троицком храме села Казаченского особо почитаема чудотворная Казанская икона Божией Матери. Старинные, мироточивые, особо чтимые прихожанами св. иконы есть и в других храмах Красноярской Епархии.