Органом управления епархией, согласно Устава Русской Православной Церкви, является Епархиальный совет. Председателем Епархиального совета является епархиальный архиерей Красноярской епархии, Митрополит Красноярский и Ачинский Пантелеимон.

Епархиальный совет образуется по благословению епархиального архиерея и состоит не менее чем из четырех лиц в пресвитерском сане, половина из которых назначается архиереем, а остальные избираются епархиальным собранием на три года.

Епархиальный совет в соответствии с указаниями епархиального архиерея:

а) выполняет решения епархиального собрания, относящиеся к ведению совета, отчитывается перед ним о проделанной работе;

б) устанавливает процедуру избрания членов епархиального собрания;

в) подготавливает заседания епархиального собрания, включая предложения по повестке дня;

г) представляет епархиальному собранию свои годовые отчеты;

д) рассматривает вопросы, связанные с открытием приходов, благочиний, монастырей, объектов производственно-хозяйственной деятельности, органов управления и иных подразделений епархии;

е) заботится об изыскании средств на удовлетворение материальных нужд епархии, а при необходимости и приходов;

ж) определяет границы благочиний и приходов;

з) рассматривает отчеты благочинных и принимает по ним соответствующие решения;

и) наблюдает за деятельностью приходских советов;

к) рассматривает планы на строительство, капитальный ремонт и реставрацию храмов;

л) ведет учет и принимает меры для сохранности имущества канонических подразделений епархии, включая здания храмов, молитвенных домов, часовен, монастырей, духовных учебных заведений;

м) в пределах своей компетенции решает вопросы, связанные с владением, пользованием и распоряжением имуществом приходов, монастырей и иных канонических подразделений епархии; недвижимое имущество канонических подразделений, входящих в епархию, а именно здания, сооружения, земельные участки могут отчуждаться только на основании решения епархиального совета;

н) осуществляет ревизию епархиальных учреждений;

о) заботится об обеспечении заштатного духовенства и церковных работников;

п) обсуждает приготовительные мероприятия к юбилеям, общеепархиальным празднованиям и иным важным событиям;

р) решает любые другие дела, которые епархиальный архиерей направляет в епархиальный совет для их решения или для изучения с целью представления ему необходимых рекомендаций;

с) рассматривает вопросы богослужебной практики и церковной дисциплины.